Francisco de Borja nasceu em Gandia, Espanha, em 28 de outubro de 1510. Sua mãe, Joana de Aragão, era neta do rei católico. Era, portanto, bisneto de Alexandre VI (o Papa renascentista de má fama) e de Fernando V, de Aragão. Nascido assim em solo manchado, ele o purificou com suas terríveis penitências e na cooperação para a reforma da Igreja e expansão da Companhia de Jesus.
Aos dez anos Francisco perdeu a mãe, e foi confiado a um tio materno, D. João de Aragão, arcebispo de Saragoça. Entrou então para a corte de Carlos V. Nela viveu como verdadeiro cristão. Esse rei deu-lhe a mão de Da. Eleonora de Castro, virtuosa portuguesa, dama da rainha. Tiveram 9 filhos.
Em 1538, falecia a imperatriz, considerada a mais bela princesa da Europa. O choque para o então Marquês de Lombay foi tremendo. Ele confiou a São João de Ávila o desejo de reformar a vida. Foi então nomeado Vice-Rei da Catalunha. Em 1543, com a morte do pai, tornou-se duque de Gandia. Três anos depois, falecia-lhe a esposa. Santo Inácio admitiu-o então na Companhia de Jesus. Em 1554, nomeia-o comissário geral da Companhia na Espanha, e dois anos depois confiou-lhe o cuidado das missões da Sociedade.
Em 1565 São Francisco de Borja foi eleito terceiro Geral da Companhia de Jesus. Durante os sete anos que para ele durou o supremo governo da Companhia, propagou as missões entre os infiéis, aumentou as províncias e, aos 1000 jesuítas, vieram juntar-se outros 2.500. Em 1571 recebeu de São Pio V o encargo de acompanhar o Cardeal Alexandrino na viagem às cortes de Espanha e Portugal. A viagem foi fatal para sua saúde. Voltando a Roma, morreu poucos dias depois, vítima da obediência, no dia 30 de setembro de 1572.
